O estudante do ensino médio Misaki Takahashi volta para casa e vê seu irmão mais velho sendo acariciado por um homem desconhecido. Perplexo com tal visão, Misaki descobre que o estranho é na verdade Akihiko Usami, um romancista popular e melhor amigo de seu irmão. Com os dois se conhecendo lentamente, Akihiko acaba como professor particular de Misaki. No entanto, depois de topar com o último romance de amor masculino do autor, Misaki fica indeciso se deve ou não confiar em Akihiko em relação à sua amizade com o irmão do estudante. Em outro lugar, Hiroki Kamijou, professor universitário de literatura clássica e amigo de Akihiko, está de luto por um romance fracassado. À beira de um colapso mental, ele conhece o estudante Nowaki Kusama, que quer sua ajuda para um próximo exame. Apesar de negar o pedido de Nowaki inúmeras vezes, Hiroki eventualmente lhe dá uma mão. À medida que os dois se aproximam, mais revelações sobre o aluno são feitas. Além disso, quando o adolescente rico Shinobu Takatsuki descobre que sua irmã mais velha se divorciou do colega de trabalho de Hiroki, You Miyagi, ele imediatamente quer namorar o mesmo homem - já que salvou Shinobu de um assalto três anos antes. Mesmo assim, You não sente o mesmo e tenta assustá-lo. No entanto, o educador logo percebe que Shinobu fará qualquer coisa pelo romance que estão destinados. Junjou Românticareúne três histórias de amor, narrando o romance de cada casal.