O ano é 1999. Morioh, uma cidade normalmente calma e pacífica, tornou-se recentemente um foco de atividades estranhas. Joutarou Kuujou, agora biólogo marinho, segue para a misteriosa cidade para conhecer Jousuke Higashikata. Embora os dois possam parecer estranhos a princípio, Jousuke é na verdade filho ilegítimo do avô de Joutarou, Joseph Joestar. Quando eles se conhecem, Joutarou percebe que pode ter mais em comum com Jousuke do que apenas uma relação de sangue. Junto com o gentil Kouichi Hirose e o turbulento Okuyasu Nijimura, o grupo se dedica a investigar desaparecimentos recentes e outras ocorrências suspeitas em Morioh. Ajudados pelo poder dos Stands, os quatro homens encontrarão perigo em cada esquina, pois cabe a eles desvendar os segredos da cidade, antes que outro aconteça.