Num futuro misterioso, organismos cristalinos chamados Gems habitam um mundo que foi destruído por seis meteoros. Cada Gem recebe uma função para lutar contra os Lunarians, uma espécie que os ataca para quebrar seus corpos e usá-los como decoração. Fosfofilita, também conhecida como Phos, é uma joia jovem e frágil que sonha em ajudar seus amigos no esforço de guerra. Em vez disso, eles são instruídos a compilar uma enciclopédia devido à sua condição delicada. Depois de embarcar a contragosto nesta tarefa, Phos conhece Cinnabar, uma joia inteligente que foi relegada a patrulhar a ilha isolada à noite por causa do veneno corrosivo que seu corpo cria. Depois de ver o quão infeliz Cinnabar está, Phos decide encontrar um papel que ambas as Gems rejeitadas possam desfrutar. Houseki no Kunisegue os esforços de Phos para ser útil e proteger seus companheiros Gems.