Devido às más escolhas de estilo de vida, o corpo de um certo ser humano está em constante turbulência. Com a abundância de germes, bactérias e substâncias estranhas, o trabalho de várias células torna-se cada vez mais difícil e perigoso. Como alguns dos infelizes que amadureceram neste ambiente caótico, Sekkekkyuu AA2153 e Hakkekkyuu U-1196 se esforçam para cumprir seus deveres – mesmo que isso signifique ver muitas de suas células companheiras perderem suas vidas em serviço. Situado em um ambiente muito diferente de sua história original, Hataraku Saibou Black retrata as lutas das células enquanto tentam manter a saúde do corpo. No entanto, a condição humana continua a deteriorar-se, e se estes esforços resultarão ou não em algo concreto depende das células!