Os gêmeos meio-demônios Towa e Setsuna estavam sempre juntos, vivendo felizes no Japão Feudal. Mas os seus dias felizes chegam ao fim quando um incêndio florestal os separa e Towa é atirado através de um portal para o Japão moderno. Lá, ela é encontrada por Souta Higurashi, que a cria como sua filha depois que Towa se vê incapaz de retornar ao seu tempo. Dez anos depois, Towa, de 14 anos, é uma estudante relativamente bem ajustada, apesar de frequentemente se envolver em brigas. No entanto, problemas inesperados chegam à sua porta na forma de três visitantes do Japão Feudal; Moroha, um caçador de recompensas; Setsuna, uma matadora de demônios e irmã gêmea há muito perdida de Towa; e Senhora Três Olhos, um demônio em busca de um objeto místico. Trabalhando juntas, as meninas derrotam seu inimigo, mas no processo, Towa descobre, para seu horror, que Setsuna não tem nenhuma lembrança dela. Hanyou no Yashahime: Sengoku Otogizoushi segue as três garotas enquanto elas se esforçam para remediar a perda de memória de Setsuna, bem como descobrir a verdade sobre seus destinos interligados.