Aqueles que recebem a Revelação de Babel deverão superar muitas batalhas e provações. Ao agarrar a mão do seu parceiro especial, estes "Hand Shakers" transportam-se para o reino de Zigurate, uma dimensão alternativa onde o tempo já não existe. Cada par de Hand Shakers deve lutar pelo direito de se encontrar com Deus, que os recompensará concedendo-lhes um único desejo. Tazuna Takatsuki, um estudante do ensino médio com tendência para consertar coisas, é um desses Hand Shakers. Depois de receber um pedido de reparos do professor Makihara de uma universidade próxima, Tazuna se depara com Koyori Akutagawa, uma garota acamada que o lembra de sua falecida irmã Musubu. Lembrando-se de seu último desejo de nunca soltar sua mão, Tazuna agarra a mão de Koyori e desperta seu poder como Hand Shaker. No entanto, a vida de Koyori está diretamente ligada ao seu status de Hand Shaker, o que significa que se Tazuna soltasse sua mão, ela morreria. Com o encontro com Deus sendo sua única esperança de salvá-la, a dupla deve encontrar uma maneira de unir seus poderes únicos, superar os Hand Shakers adversários e realizar seu desejo.