Mahiro Yasaka é apenas um estudante comum do ensino médio, até que um dia é subitamente atacado por um monstro perigoso. Justamente quando tudo parece estar perdido, ele é salvo por uma garota de cabelos grisalhos chamada Nyaruko, que afirma ser a divindade que muda de forma Nyarlathotep do autor de terror HP Lovecraft's Cthulhu Mythos, enviado pela Agência de Defesa Espacial para a Terra. Ela explica a Mahiro que a criatura que o perseguia era um alienígena chamado Nightgaunt, que planejava sequestrá-lo e vendê-lo como escravo. Depois de resgatá-lo do alienígena, a divindade Lovecraftiana se apaixona perdidamente por Mahiro e se força a entrar em sua casa, para seu desgosto. Além disso, logo se juntam a eles outros dois do universo ficcional: Cthuko, uma garota obcecada por Nyaruko, e Hasuta, um menino facilmente confundido com uma bela mulher. Juntos, os três alienígenas excêntricos protegem Mahiro dos vários perigos extraterrestres que ameaçam o seu bem-estar e o da Terra, ao mesmo tempo que tornam a sua vida um inferno.