Em 24 de dezembro de 2029 – o dia coloquialmente conhecido como o “Natal Perdido” – o Vírus do Apocalipse se espalhou pelo Japão, trazendo a morte aos seus cidadãos e mergulhando o país no caos total. Num esforço para estabelecer a ordem, as Nações Unidas enviam o GHQ para ajudar na crise, contendo o surto e, ao mesmo tempo, removendo toda a autonomia política no processo. Uma década depois, o país ainda vive sob o seu controlo, incapaz de se libertar do seu domínio draconiano. Frustrado com o estado da nação, um grupo de resistência chamado Funeral Parlor pretende libertar o Japão do GHQ. Liderados pelo carismático Gai Tsutsugami, o grupo planeja roubar um frasco contendo o "Genoma Vazio" para alcançar seus objetivos. O frasco cai nas mãos da vocalista da internet Inori Yuzuriha, que acaba sendo caçada pelas forças Anti-Corpos do GHQ. Não tendo para onde ir, ela busca refúgio em um armazém onde conhece Shuu Ouma – um estudante do ensino médio socialmente desajeitado que é um grande fã de sua música. Shuu é arrastado para o conflito no momento em que resgata Inori, e o Genoma Vazio se quebra em sua mão, concedendo-lhe o "Poder dos Reis". Enquanto aprende a controlar sua nova habilidade, Shuu deve agora lutar para libertar o Japão de seus cruéis opressores.