Yuuji Kazami é um estudante transferido que acaba de ser admitido na Academia Mihama. Ele quer viver uma vida normal de colégio, mas esse sonho pode não se tornar realidade tão cedo, já que a Academia Mihama é exatamente o oposto. Composto apenas pela diretora e mais cinco alunas, todas meninas, Yuuji conhece cada uma delas, descobrindo mais sobre suas personalidades, pois a socialização é inevitável. Lentamente, ele começa a aprender sobre a verdade por trás do pequeno grupo de estudantes que ocupam a academia – cada um deles tem sua própria cota de experiências traumáticas que estão escondidas do mundo. A Academia Mihama funciona como um lar para essas meninas, elas são as “frutas” que caíram de suas árvores e começaram a apodrecer. Cabe a Yuuji se tornar o catalisador para salvá-los de si mesmos, mas como ele pode salvar outra pessoa quando não consegue nem salvar a si mesmo?