Aventurando-se no deserto, o cético Ryouta Murakami e o ambicioso Kuroneko estavam em uma missão para provar a existência de vida extraterrestre quando um trágico acidente ocorreu, tirando Kuroneko de sua vida e deixando Ryouta em estado gravemente ferido. Dez anos se passaram desde o desastre e Ryouta agora vive uma vida normal no ensino médio. Ele promete provar que os alienígenas são reais em homenagem ao seu falecido amigo. Um estudante transferido chamado Neko Kuroha chega inesperadamente um dia, tendo uma notável semelhança com o falecido Kuroneko - até mesmo compartilhando um nome semelhante. Mais misteriosamente, ela parece possuir poderes sobrenaturais. À medida que Ryouta se interessa mais por Neko, ele é atraído para um mundo mortal onde cientistas perigosos caçam bruxas com poderes mágicos que escaparam de seu laboratório de pesquisa secreto. Neko é um desses fugitivos, mas há muitos outros que estão em situações semelhantes, e cabe a Ryouta protegê-los de seus possíveis captores.