Kei Narutani e seu amigo de infância, Song Minghua, são refugiados chineses que fogem da Zai, uma organização misteriosa que aterroriza indiscriminadamente seu país e seu povo. Felizmente, durante a fuga para o Japão, eles são salvos por um estranho avião vermelho. O fascínio de Kei por esta aeronave o leva a conhecer sua salvadora: uma garota que é uma "Anima" - a piloto de um tipo único de avião chamado "Filha". A garota atende pelo nome de Gripen, um adorável caça JAS-39F. Kei desenvolve um vínculo com o Gripen e é então recrutado pela Força de Autodefesa do Japão para ajudar o Gripen a superar seus problemas de vôo. Mais tarde acompanhado por Eagle, um despreocupado F-15J-ANM, e Phantom, um orgulhoso RF-4EJ-ANM, o esquadrão pega em armas, determinado a proteger a humanidade. Juntos, os cinco indivíduos lutam contra o invasor Zai, formando a última linha de defesa contra a ameaçadora força alienígena.