O estudante do ensino médio e jogador Suigin Riku frequenta a prestigiosa Shinryou Private Academy, uma escola para a elite e os filhos dos ricos. Mas rico ou rico não são palavras que descrevem Suigin; na verdade, ele é muito pobre e precisa trabalhar em muitos empregos de meio período para pagar suas mensalidades. Durante um desses trabalhos, ele mergulha em uma piscina para salvar seu gato de estimação, sabendo que não sabe nadar. Felizmente, ele é salvo por Rei Riku, a linda e popular filha de um desenvolvedor de jogos, e se apaixona por ela. Ele também se sente atraído por outra garota: uma nova amiga que conhece em Dungeon Century, seu RPG online favorito. Mas quando o jogo está programado para encerrar, ele sabe que suas aventuras com ela terminarão em breve. Porém, um dia após o encerramento do jogo, ele descobre que Rei e a garota online são a mesma pessoa. Logo depois, Rei dá a Suigin um novo jogo destinado a substituir Dungeon Century – um jogo de invasão de tumbas chamado Grave Buster. Mas quando Rei é sequestrada repentinamente, Suigin é puxado para dentro do Grave Buster para salvá-la. Gin no Guardian segue Suigin enquanto ele joga Grave Buster para salvar Rei, enquanto descobre os segredos escondidos no jogo.