Chiyo Sakura é uma alegre estudante do ensino médio que se apaixonou pelo distraído Umetarou Nozaki. Para grande confusão de Chiyo, quando ela confessa ao seu amado Nozaki, ele lhe entrega um autógrafo desconhecido. Acontece que o estóico adolescente é na verdade um respeitado shoujo mangaká, publicando sob o pseudônimo de Sakiko Yumeno! Uma série de mal-entendidos faz com que Chiyo se torne um dos assistentes de mangá de Nozaki. Ao longo dos eventos hilários que se seguem, ela faz amizade com muitos de seus peculiares colegas de escola, incluindo seu aparentemente desavergonhado colega assistente, Mikoto Mikoshiba, e o “Príncipe da Escola”, Yuu Kashima. Gekkan Shoujo Nozaki-kun segue Chiyo enquanto ela se esforça para ajudar Nozaki com seu mangá e espera que ele eventualmente perceba seus sentimentos.