Depois de superar vários eventos tumultuados, o sargento mercenário Sousuke Sagara de Mithril e a estudante "Whispered" Kaname Chidori retornam às suas vidas normais de colégio. Sousuke continua seus esforços para se assimilar à população civil e gerenciar sua missão ao mesmo tempo, enquanto Kaname tenta apoiar seus esforços (mesmo que suas travessuras muitas vezes a deixem maluca). Porém, à medida que suas vidas se acalmam, novos problemas começam a aparecer. O surgimento de uma organização terrorista independente conhecida como Amálgama e os conflitos internos dentro de Mithril ameaçam transformar a unidade em uma série de fracassos e traições. E os novos e poderosos modelos Arm Slave apenas pioram a situação quando a paz mundial está em jogo. Enquanto Kaname e Sousuke enfrentam suas próprias batalhas internas em meio a lutas que ameaçam suas vidas, serão eles capazes de fazer as escolhas certas e mudar seu futuro?