A história de Fortune Arterial gira em torno do protagonista masculino Kohei Hasekura, que se transfere para uma escola pública de prestígio no estilo de uma escola inglesa de seis anos, abrangendo alunos do ensino fundamental e médio. A escola fica em uma ilha chamada Ilha Tamatsu, perto da costa do Japão continental, e a única maneira de chegar lá é de barco. Logo após a transferência, ele descobre que uma das alunas da turma vizinha à sua, Sendo Erika, é na verdade uma espécie de vampiro.