2016 DC, as fundações da humanidade foram incineradas pelo Rei Mago Salomão. Chaldea, uma organização secreta de magos com a missão de preservar o futuro da humanidade, previu a extinção da humanidade em 2015. Assim começou a operação para reparar as Singularidades na história causadas pelos Santo Graal dispersos no tempo e no espaço – Operação Grande Ordem. Usando a tecnologia de viagem no tempo Rayshift, o último mestre da Chaldea, Ritsuka Fujimaru, e seu semi-servo Mash Kyrielight viajaram e resolveram seis Singularidades. Agora, eles partem para o seu destino mais perigoso: uma civilização na Era dos Deuses, 2655 AC, na Mesopotâmia. Ritsuka e Mash logo descobrem que Bestas Demoníacas vagam pela terra, atacando pessoas e cidades. Em meio ao caos e ao terror está a última defesa da humanidade: Uruk, uma cidade-fortaleza que atua como linha de frente na batalha contra as feras. A frente de batalha é comandada por ninguém menos que o Rei Gilgamesh, o Rei dos Heróis, que buscou a ajuda dos Espíritos Heróicos e assumiu o papel de mago para proteger sua cidade. Junto com Gilgamesh e os servos convocados, Ritsuka e Mash devem proteger Uruk contra o ataque das feras mágicas e derrotar a Aliança das Três Deusas que visa erradicar a humanidade; ao mesmo tempo, uma ameaça maior paira sobre Uruk, preparando-se para o seu despertar.