Um inferno tecnológico disfarçado de paraíso, a Academia Tsukimihara é uma escola secundária artificial que serve de cenário para a próxima Guerra do Santo Graal. Criada pelo computador Moon Cell, a escola é habitada por almas projetadas na Terra que possuem a menor aptidão para serem "Mestres". Destas 256 almas, 128 serão escolhidas para o torneio principal e receberão um Servo. Com todos os Mestres selecionados, a Academia ativa um expurgo, visando a eliminação das formas de vida restantes. Acordando em uma poça de seu próprio sangue, Hakuno Kishinami se recusa a morrer. Alimentado por sentimentos desconhecidos de ódio, ele promete lutar pela sobrevivência. Enquanto ele luta para escapar de um perseguidor implacável, ele encontra uma lâmina vermelha cravada no chão; e ao retirá-lo, Hakuno convoca seu próprio Servo, Saber, que instantaneamente destrói seu perseguidor em uma enxurrada de pétalas de rosa. Com seu novo poder, Hakuno deve agora começar sua jornada até o núcleo da Moon Cell, a Angelica Cage. Lá, ele irá desvendar a razão deste mundo artificial e os segredos do seu próprio passado encharcado de sangue.