Agora de posse do Edens Zero, Shiki Granbell reuniu as Quatro Estrelas Brilhantes. Com a ajuda de seus novos amigos, Shiki será capaz de romper Dragonfall – a fronteira do Sakura Cosmos repleta de dragões mecânicos. Uma vez alcançado isso, ele pode continuar sua busca para encontrar a deusa Mãe. Antes que a tripulação do Edens Zero possa avançar em sua jornada, eles notam um misterioso navio de guerra os seguindo. Ao saber que o navio - o Belial Gore - pertence a Drakken Joe, Shiki e sua tripulação tentam se infiltrar nele, com a intenção de descobrir por que o Alquimista Negro está atrás deles. No processo, o Edens Zero é feito refém pelos subordinados de Drakken. Embora estejam em uma situação difícil, Shiki se recusa a recuar. Trabalhando junto com seus amigos, Shiki terá que derrotar o Dark Alchemist se quiser sair vivo de Belial Gore.