Senkuu estabeleceu como objetivo trazer de volta dois milhões de anos de conquistas humanas e reviver todos aqueles que foram transformados em estátuas. No entanto, um homem está no seu caminho: Tsukasa Shishiou, que acredita que apenas os mais aptos dos petrificados deveriam ser revividos. À medida que a neve derrete e a primavera se aproxima, Senkuu e seus aliados na Vila Ishigami terminam os preparativos para o ataque ao Império Tsukasa. Com um modelo de celular reinventado agora à sua disposição, o Reino da Ciência está pronto para lançar seu mais novo esquema para recrutar um número considerável do exército de Tsukasa para seu lado. Contudo, é uma corrida contra o tempo; pois cada dia que o Reino da Ciência gasta aperfeiçoando suas invenções, o império cresce rapidamente em número. Reunindo-se com velhos amigos e ganhando novos aliados, Senkuu e o Reino da Ciência devem deter as forças de Tsukasa para cumprir o seu objetivo de restaurar a humanidade e todas as suas criações. Com os dois lados em busca de seu mundo ideal, a Guerra das Pedras já começou!