Taichi Yagami e seus amigos passaram para o ensino fundamental, mas nessa época já perderam contato com seus parceiros Digimon. Taichi fica, portanto, surpreso ao receber de repente um pedido de socorro convocando-o para o Mundo Digital. Uma vez lá, ele descobre que os Digimon vivem com medo do misterioso Imperador Digimon, que de alguma forma está suprimindo sua capacidade de Digivolver! No mundo real, Hikari Yagami e Takeru Takaishi se reencontram na mesma turma da quinta série. Eles compartilham três colegas de escola: Daisuke Motomiya, que lembra Taichi a ambos; Miyako Inoue, uma assistente técnica; e Iori Hida, vizinho de Miyako. Quando essas três crianças recebem Digivices "D-3", elas - junto com Hikari e Takeru, que ainda possuem seus próprios Digivices originais - formam a nova geração de "Crianças Escolhidas" que devem salvar o mundo mais uma vez. Com o poder dos Digi-Ovos Blindados, eles devem frustrar os planos do Imperador Digimon de espalhar sua influência por todo o Mundo Digital.