Já se passaram 10 anos desde que Heaven's Gate apareceu na América do Sul e Hell's Gate apareceu no Japão, velando o outrora familiar céu noturno com uma paisagem opressiva. Com seus propósitos desconhecidos, esses Portais são espaços nos quais as próprias leis da física são ignoradas. Com o aparecimento dos Portões surgiram os Contratantes, que, em troca de sua humanidade, recebem habilidades sobrenaturais. Na cidade japonesa ao redor de Hell's Gate, a Chefe da Seção 4, Misaki Kirihara, se vê em desacordo com um infame Empreiteiro de codinome Hei. Chamado de "Black Reaper" no mundo subterrâneo, Hei, assim como seus associados, realiza missões para o misterioso e implacável Syndicate enquanto lentamente remove as camadas escuras que cobrem uma conspiração nefasta que ameaça a própria existência dos Contractors. Da mente de Tensai Okamura surge um thriller de ficção científica que assume a forma de uma exposição sutil de uma guerra na qual as posições políticas e a justiça não têm influência - uma guerra travada exclusivamente nas sombras.