Diz-se que "O Pastor", uma lenda urbana da Academia Shiomi, aparece diante de estudantes esforçados para realizar-lhes um desejo. Enquanto está absorto em um livro dentro da renomada Grande Biblioteca da escola, Kyoutarou Kakei, um estudante do segundo ano e presidente de fato do Clube da Biblioteca, recebe um e-mail do Pastor prevendo um evento que mudará seu destino. Preocupado com a mensagem, Kyoutarou corre para uma estação de trem próxima e encontra seu colega estudante Tsugumi Shirasaki, a quem ele salva de ser atropelado por um trem que descarrilou. Grato por suas ações heróicas, Tsugumi se junta ao Clube da Biblioteca e convida Kyoutarou para participar de seu misterioso "Projeto Shiomi Happy". Juntamente com outros novos membros do clube, eles se esforçam para tornar a academia um lugar melhor e descobrir a identidade do enigmático Pastor.