À primeira vista, Ibara Naruse e seus amigos Aoi Fukasaku e Taeko Nomura parecem estudantes comuns e despreocupados do ensino médio. Mas as ruas por onde andam, o seu destino e o ambiente que os rodeia são tudo menos normais. À medida que avançam, o trio se aprofunda em uma versão inabitável de Tóquio, que foi devastada por um desastre nuclear há 20 anos. Como parte do Despacho da 3ª Força Especial Coppelion, conhecida como equipe de Saúde, Ibara, Aoi e Taeko são apoiados pela Força Terrestre de Autodefesa Japonesa (JGSDF) e pelo Coronel Onihei Mishima enquanto vasculham as ruas assustadoramente silenciosas em busca de sobreviventes. Encontrar os últimos humanos restantes e evacuá-los pelos helicópteros da JGSDF é uma ocorrência diária para as meninas. Mas à medida que o seu trabalho avança, Ibara e os seus amigos começam a questionar a sua própria humanidade – nomeadamente, como eles próprios conseguem sobreviver em Tóquio sem qualquer equipamento de proteção.