Embora alegre e delicada, Sakura Sakurakouji é uma artista marcial habilidosa com um senso de justiça que nunca vacila – não importa a situação. Ao testemunhar pessoas queimando em chamas azuis enquanto viajavam de ônibus para casa, ela chama a polícia para levar o assassino à justiça, apenas para descobrir que não resta nenhuma evidência. Porém, todas as suas dúvidas sobre o que viu desaparecem quando, no dia seguinte, a nova aluna transferida Rei Oogami se junta à sua turma; ele é o mesmo garoto que ela viu cometer assassinato a sangue frio. Rei é gentil, doce e rapidamente se torna popular, contradizendo as acusações de Sakura. Logo, ela descobre sua verdadeira natureza: um decifrador de códigos, ou “aquele que não existe”. Para surpresa de Sakura, Rei - armada com poderes misteriosos - busca fazer justiça de acordo com o princípio de "olho por olho". Determinada a levar Rei para o caminho certo, Sakura se mantém perto dele na esperança de redimi-lo de seus caminhos antes que outros se machuquem.