Depois de anos de guerra infrutífera entre os quatro reinos da Gamindustri (Planeptune, Lastation, Lowee e Leanbox) pela energia Share, a fonte de sua força baseada no quanto seu povo tem fé em suas deusas, as quatro CPUs que os governam finalmente assinou um tratado de amizade. O tratado proíbe qualquer tentativa de reivindicar a energia Share através da força militar, na esperança de trazer paz e prosperidade aos seus mundos. No entanto, um mês após o tratado, Netuno, a Deusa CPU de Planeptuno, passa seu tempo brincando e jogando em vez de fazer seu trabalho, deixando as ações de sua terra despencando. Choujigen Game Neptune The Animation segue as tentativas de Netuno e seus amigos de aumentar as Ações, enquanto lida com uma ameaça externa que pode significar o fim das Deusas e da própria Gamindustri...