As discussões silenciosas entre a população estudantil feminina da Academia Shinyo giram em torno de uma entidade sobrenatural enigmática. Esta entidade é Boogiepop, um Shinigami que, segundo rumores, mata pessoas no auge de sua beleza antes que seu fascínio diminua. Poucos sabem de sua verdadeira natureza: um guardião que, entre os períodos de dormência, se manifesta como o alter ego de uma estudante do ensino médio chamada Touka Miyashita para afastar “os inimigos do mundo”. Agora, uma série de desaparecimentos misteriosos - que a escola presume serem apenas fugitivos - fez com que Boogiepop despertasse. Mas em algum lugar da academia, uma criatura ameaçadora se esconde, esperando o momento oportuno para atacar. Boogiepop wa Warawanaiexplora sutilmente as associações intrínsecas entre os seres humanos e sua percepção do tempo, enquanto investiga as complexas relações, emoções, memórias e passados ​​de seus personagens.