Yoichi Isagi estava a poucos minutos de marcar um gol que teria enviado seu time de futebol do ensino médio para o campeonato nacional, mas uma decisão em uma fração de segundo de passar a bola para seu companheiro custou-lhe essa realidade. Amargo, confuso e desapontado, Isagi se pergunta se o resultado teria sido diferente se ele não tivesse feito o passe. Quando o jovem atacante volta para casa, um convite da União Japonesa de Futebol o aguarda. Através de um processo de tomada de decisão arbitrário e tendencioso, Isagi é um dos trezentos atacantes Sub-18 selecionados para um polêmico projeto chamado Blue Lock. O objetivo final do projeto é transformar um dos jogadores selecionados no craque da seleção japonesa. Para encontrar o melhor participante, cada diamante bruto deve competir contra outros através de uma série de competições individuais e em equipe para chegar ao topo. Deixando de lado suas objeções éticas ao projeto, Isagi sente-se compelido a lutar para chegar ao topo, mesmo que isso signifique destruir impiedosamente os sonhos de 299 jovens aspirantes a atacante.