Durante o início da década de 1930, em Chicago, o trem transcontinental Flying Pussyfoot inicia sua jornada lendária que deixará um rastro de sangue por todo o país. Ao mesmo tempo, em Nova York, o ambicioso cientista Szilard e seu relutante assessor Ennis procuram garrafas perdidas do elixir da imortalidade. Além disso, a guerra entre os grupos mafiosos está a piorar. A bordo do Advena Avis, em 1711, os alquimistas estão prestes a aprender o preço da imortalidade. Baseado nos premiados light novels de mesmo nome, Baccano!segue vários eventos que inicialmente parecem não relacionados, tanto no tempo quanto no lugar, mas que fazem parte de uma história muito maior – uma história de alquimia, sobrevivência e imortalidade. Unindo esses eventos estão os aspirantes a ladrões de bom coração, Isaac e Miria, conectando várias pessoas, todas elas com suas próprias ambições e agendas ocultas, e criando laços e consequências para toda a vida para todos os envolvidos.