Quando as "Sereias", uma força alienígena com um arsenal que ultrapassa em muito os limites da tecnologia atual, apareceram de repente, uma humanidade dividida ficou em completa solidariedade pela primeira vez. Quatro países – Eagle Union, Royal Navy, Sakura Empire e Iron Blood – formaram Azur Lane, abrindo caminho para a melhoria da guerra moderna, o que levou a uma vitória inicial contra a ameaça comum. No entanto, esta tênue união foi ameaçada por ideais opostos, dividindo a aliança em duas. Sakura Empire e Iron Blood se separaram e formaram o Eixo Vermelho, e a humanidade tornou-se fragmentada mais uma vez. Como um lutador experiente e experiente, a Enterprise "Grey Ghost" carrega consigo a esperança de Azur Lane de acabar com a guerra. Mas por trás de sua personalidade estóica esconde-se uma garota frágil, com medo do oceano. Mesmo assim, ela continua a lutar porque acredita que esse é o único propósito de sua existência. Enquanto isso, Javelin, Laffey e Unicorn – três navios da união – tropeçam em Ayanami, uma espiã do Eixo Vermelho. Por mais estranho que possa parecer, eles tentam fazer amizade com ela, mas como inimigos, seus esforços são em vão. Mesmo assim, eles perseveram na esperança de um dia ter sucesso. Em meio ao conflito sem fim dentro da humanidade, as chaves que poderiam unir uma raça fragmentada podem existir: um soldado aceitando sua personalidade misteriosa e a camaradagem entre aqueles com ideais diferentes.