12.000 anos após os acontecimentos em Genesis Aquarion, os humanos vivem na estrela Vega sob constante ameaça de seres transdimensionais chamados Abdutores. Esses inimigos se originam da estrela irmã de Vega, Altair, e atacam Vega em busca de vida humana. Como contramedida, uma organização conhecida como Neo-DEAVA foi formada para combater os sequestradores. Eles pilotam trajes mecânicos avançados chamados Aquaria e são estritamente separados por gênero. Não é permitido contato entre meninos e meninas; eles são até impedidos de lutar no mesmo campo de batalha. No entanto, os acontecimentos tomam um rumo chocante quando um traje mecha Abdutor avançado entra na briga. Dois adolescentes, Mikono e Amata, são arrastados para o conflito. Inconscientemente, Amata cumpre um tabu ao invocar um Aquaria e inicializar o que é chamado de União Proibida entre Aquaria masculino e feminino. Neo-DEAVA fica chocado, e as repercussões das ações de Amata são muito mais abrangentes do que ele imagina. Como ele conseguiu invocar um Aquaria? Onde ele aprendeu a formar uma União Proibida? E por que Mikono também foi capaz de pilotar o traje mecha?