No ano de 2039, os efeitos drásticos do aquecimento global fizeram com que o nível do mar subisse, resultando numa grande perda de terras. Para garantir que a humanidade aprenda a lição, surge uma frota de poderosos navios de guerra equipados com armamento avançado, causando uma derrota esmagadora às forças navais em todo o mundo. Chamando-se de Frota da Neblina, cada nave possui um “Modelo Mental”, um avatar humanóide que representa o coração da nave, seu “Núcleo da União”. Cada modelo tem uma personalidade diferente, mas todos seguem uma autoridade desconhecida conhecida como Código do Almirantado, que implementou um bloqueio para impedir que humanos atravessem o mar. Dezessete anos após o bloqueio, Gunzou Chihaya, ex-aluno da Academia Nacional da Marinha, se depara com a I-401 e seu modelo mental, Iona, que fica do lado da humanidade por razões desconhecidas. Utilizando esta nova esperança de alcançar a paz para a humanidade, Gunzou e seus amigos formam um grupo de corsários, conhecido como Blue Steel, enquanto partem em uma jornada perigosa.