Após o Amagami SS , o estudante do ensino médio Junichi Tachibana continua seu relacionamento com as meninas de sua escola. Amagami SS+ Plus oferece um vislumbre do que aconteceu após a resolução da história individual de cada garota. Novos eventos começam a acontecer entre cada uma das meninas e Junichi. Tsukasa Ayatsuji, o representante da turma, concorre à presidência do conselho estudantil; Rihoko Sakurai, que assumiu o Tea Club com Junichi, ainda quer confessar seus sentimentos a ele; Ai Nanasaki questiona o futuro de seu relacionamento com Junichi quando ele for para a faculdade; Kaoru Tanamachi se pergunta se seu relacionamento com Junichi irá algum dia mais longe; Sae Nakata e Junichi lidam com colegas que ainda não conseguem acreditar que alguém tão fofo seja sua namorada; e Haruka Morishima quer levar seu relacionamento para o próximo nível e se casar.