No ano desde que os substitutos da 77ª geração se juntaram ao AKB0048, a Deep Galactic Trade Organization [DGTO] e o DES intensificaram os seus ataques ao entretenimento. Em resposta, AKB0048 traz de volta as eleições gerais e a posição central nova. Os substitutos são agora lançados numa nova competição diretamente contra os sucessores. Mas à medida que AKB0048 traz de volta políticas nunca vistas desde o desaparecimento de Acchan, um novo inimigo mais poderoso move-se silenciosamente nos bastidores.