Chegando a um período da vida em que não são nem crianças nem adultos, Hanabi Ayase e Aoi Yui, de 12 anos, enfrentam acontecimentos que mudam suas vidas. Devido ao comportamento travesso de seus colegas do sexo masculino, Ayase não tem uma boa opinião sobre o sexo oposto. No entanto, sua perspectiva começa a mudar depois que ela se junta ao bondoso Takao Yuuto para uma tarefa de aula e inesperadamente trocam seus primeiros beijos no telhado da escola. Com sua melhor amiga descobrindo o amor, Aoi anseia por buscar o seu próprio. Ela se apaixona pelo imprudente Kazuma Hiyama depois de protegê-la de um pretendente rejeitado que falou pelas suas costas. 12-sai.: Chicchana Mune no Tokimekisegue os quatro nesta fase da adolescência. À medida que crescem lado a lado, este doce romance retrata a inocência e a emoção do primeiro amor.