A Academia Militar do Império Barsburg é conhecida por treinar elites que trazem a vitória ao império. Os alunos da academia utilizam livremente uma habilidade chamada "Zaiphon" para lutar, enquanto os tipos de Zaiphon utilizáveis ​​dependem da natureza do soldado. Teito Klein, aluno da academia, é um dos soldados mais promissores produzidos. Embora ridicularizado por todos por ser um sklave (escravo em alemão) sem lembranças de seu passado, ele faz amizade com um colega chamado Mikage. Enquanto se prepara para o exame final, Teito descobre um segredo obscuro relacionado ao seu passado. Quando uma tentativa de assassinar Ayanami, um oficial de alto escalão que matou seu pai, falha, Teito é trancado aguardando punição. Querendo apenas o melhor para Teito, Mikage o ajuda a escapar. Teito vai parar na Igreja do 7º Distrito onde é acolhido pelos bispos. É aqui que Teito tenta escapar das garras de Ayanami e dos militares, para redescobrir suas memórias e saber por que ele é a pessoa que pode mudar o destino do mundo.