No mundo cada vez maior de Duel Monsters, à medida que os duelistas melhoram suas habilidades e sobem na classificação, os duelos se tornam cada vez mais complexos. Ao aderir a regras rígidas, além de usar e aprender estratégias comprovadas, pode-se tornar-se um duelista forte. No entanto, como um menino que adora invenções e descobrir novas possibilidades, o estudante do ensino fundamental Yuuga Oudou acha a forma atual de duelar previsível e rígida – em outras palavras, chata. Assim, ele pretende criar um novo caminho no duelo com sua nova invenção emocionante: Rush Duels. Sua ambição logo chama a atenção de Tatsuhisa Kamijou, um colega do ensino fundamental, que o leva a um lugar misterioso na tentativa de descobrir o potencial do novo sistema. Embora Yuuga pretenda implementar Rush Duels como o novo padrão de duelo e derrubar as convenções do jogo, ele abre a porta para seu objetivo final: tornar o duelo emocionante novamente.