Kyoshiro to Towa no Sora gira em torno da vida de Kuu Shiratori, uma estudante aparentemente normal do ensino médio que aproveita sua vida escolar na cidade gigante Academia, que é considerada um símbolo de recuperação para a humanidade, já que dez anos se passaram desde o maior desastre que a humanidade já viu, ocorreu. Kuu recentemente teve um sonho recorrente em que um príncipe a conhece e a leva embora. Um dia, enquanto todos os alunos de sua escola se preparam para o próximo festival escolar, aparece o príncipe, que ela conheceu várias vezes em seus sonhos. O príncipe, Kyoshiro Ayanokoji, pede a ela assim como havia feito nos sonhos de Kuu: "Vamos... juntos..."