Rinne Rokudou tem problemas maiores do que ir à escola – ou seja, ajudar os espíritos a passarem para a próxima vida. Por causa dessa responsabilidade, ele muitas vezes fica sem dinheiro e luta para comprar o que precisa: comida, roupas e ferramentas de exorcismo. Sakura Mamiya consegue ver fantasmas desde pequena. Ela esperava superar isso, mas mesmo depois de começar o ensino médio, nada mudou. Para piorar a situação, na primeira vez que seu sempre ausente colega de classe, Rinne, aparece na escola, apenas Sakura pode vê-lo. Ela presume, como qualquer um faria, que ele é um fantasma. No entanto, para surpresa de Sakura, Rinne passa a frequentar a escola normalmente no dia seguinte. Kyoukai no Rinne narra a jornada de Sakura enquanto ela aprende sobre a verdadeira natureza de Rinne e a existência de um mundo sobrenatural oculto.