Seguindo os Little Busters depois de perderem seu primeiro jogo de beisebol, o time decide fazer uma festa de panquecas. Já se passou quase um semestre desde o retorno de Kyousuke Natsume. Como sempre, Riki Naoe continua ajudando os membros dos Little Busters - antigos e novos - a enfrentar suas lutas internas. No entanto, acontecimentos estranhos começam a ocorrer, levando Rin Natsume e Riki mais perto de desvendar a verdade por trás do “segredo deste mundo”. Mal sabem Rin e Rikki, sua descoberta acabará mudando de uma vez por todas a pacífica vida cotidiana criada pelos Little Busters. Pequenos Busters!: Refrãotraz uma conclusão às histórias coloridas de seu elenco - forjadas com o peso das emoções e fortalecidas pelo vínculo de amizade - à medida que eles enfrentam seus arrependimentos e fraquezas.