Quando criança, Riki Naoe fechou-se do mundo, graças a um diagnóstico de narcolepsia após a trágica morte de seus pais. No entanto, Riki é salvo quando, num dia fatídico, um garoto chamado Kyousuke o recruta para uma equipe que se autodenomina Little Busters. Acompanhados por Masato, Kengo e Rin, esses desajustados passam a infância lutando contra o mal e aproveitando a juventude. Os anos passam e, mesmo no ensino médio, os companheiros de equipe permanecem juntos. Kyousuke decide reacender os Little Busters formando um time de beisebol, pois será seu último ano letivo com eles. Eles têm um problema: não há membros suficientes! A situação mudou, pois agora é a vez de Riki estender a mão e recrutar novos amigos para os Little Busters, assim como Kyousuke fez uma vez por ele. Então, surge um presságio: Rin encontra uma carta estranha anexada ao seu gato, atribuindo-lhes a tarefa de descobrir o "segredo deste mundo", completando tarefas específicas. Qual é esse segredo e por que está sendo escondido? Cabe aos Little Busters descobrir!