Magician's Academy gira em torno de Takuto Hasegawa, que frequenta uma academia de magia que não está marcada em nenhum mapa. Durante um exame de feitiço de invocação, ele acidentalmente cria uma garota chamada Tanarotte, que possui poder mágico suficiente para destruir seu país, mas felizmente Tanarotte professa lealdade (e amor) eterna ao seu "criador".