Após uma guerra catastrófica contra uma raça de gigantes conhecida como Zentradi, a humanidade escapou em direção ao centro da galáxia a bordo de uma frota de naves coloniais chamada Macross Frontier. À medida que a ameaça extraterrestre é deixada cada vez mais para trás, a vida em Macross Frontier prossegue normalmente. No ano de 2059, um jovem piloto de mecha chamado Alto Saotome e seus colegas estão se preparando para realizar uma apresentação de acompanhamento para a famosa cantora Sheryl Nome, que veio a Macross Frontier para um show. Durante a apresentação, uma espécie alienígena biomecânica conhecida como Vajra aparece repentinamente, rompendo o perímetro defensivo que cerca a nave e fazendo um pouso forçado perto do local do concerto, mergulhando toda a cidade no caos. Enquanto os espectadores evacuam, uma jovem chamada Ranka Lee é deixada para trás e é alvo do Vajra, mas é salva no último minuto por Alto. Após esses eventos, o programa dos Serviços Militares Estratégicos observa a habilidade de Alto em batalha, resultando em seu recrutamento para combater a nova ameaça alienígena.