Hazuki Kagimura é uma garota socialmente desajeitada e sem amigos; e tendo sido adotada recentemente, ela também luta para se conectar com sua nova família. O seu único refúgio desta dolorosa realidade é entre as páginas de histórias onde a sua imaginação fértil lhe permite viver os seus sonhos de amizade e aventura. Porém, um dia, um texto antigo e misterioso aparece em sua mochila. No caminho de volta à biblioteca para devolvê-lo, Hazuki vê uma garota familiar que é aparentemente invisível para todos, menos para ela. Decidindo segui-la, Hazuki é conduzida a uma biblioteca escondida onde um mundo que ela pensava que só existia em seus sonhos a espera. Märchen Mädchenconta a história do encontro de Hazuki com Shizuka Tsuchimikado, sua primeira amiga, e da descoberta de que ela foi escolhida pela versão original da Cinderela para se tornar uma poderosa maga conhecida como Origin Master. Hazuki se matricula na Kuzunoha Girl's Magic Academy, onde aprende a vencer seus medos e a acreditar em sua capacidade de criar sua própria história incrível.