Após a derrota de Myouri Unzen nas mãos de Medaka Kurokami e seu Conselho Estudantil, a paz retornou à Academia Hakoniwa – pelo menos por um curto período. Logo, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune e Mogana Kikaijima se veem envolvidos em outro esquema sinistro, conhecido como “Plano Flask”, liderado pelo próprio diretor da escola. No entanto, o primeiro problema do conselho é lidar com todo um novo grupo de estudantes sobre-humanos que se autodenominam "Partido dos Treze", liderados pelo egoísta, mas poderoso, Oudo Miyakonojou. Com o misterioso Plano Flask, a tirania de Oudo e o ressurgimento de um antigo inimigo, o estado da Academia Hakoniwa está longe de ser tranquilo, e Medaka e seus companheiros estão muito ocupados à medida que as coisas ficam cada vez mais anormais.