Medaka Kurokami é, no verdadeiro sentido da palavra, perfeito. Linda, inteligente e atlética, o sonho de Medaka é fazer os outros felizes. Portanto, quando ela concorrer à presidência do conselho estudantil da prestigiada Academia Hakoniwa, é de se esperar vencer a eleição com 98% dos votos. A primeira coisa que o turbulento novo presidente faz é criar a “Caixa Medaka”, uma caixa de sugestões que permite aos estudantes enviar qualquer tipo de pedido de assistência. Juntamente com o cínico Zenkichi Hitoyoshi, seu amigo de infância que está fortemente armado para ajudar, Medaka atende a esses pedidos a um ritmo ridículo. A cada trabalho concluído, ela coloca flores na sala do conselho estudantil, com o objetivo de encher toda a escola. No entanto, os dois estão prestes a descobrir que ajudar os outros pode ser muito mais difícil do que imaginam, à medida que começam a descobrir um plano devastador centrado na academia e até na própria Medaka!