O estudante do segundo ano do ensino médio, Ichirou Satou, sempre foi uma pessoa comum - isto é, até que ele se depara com algumas situações não tão comuns com seu professor, Kana "The Demon" Kojima. Kojima é a professora de japonês de Satou, com reputação de ser tão cruel que até os delinquentes da escola se curvam diante dela. Num dia fatídico, as coisas pioram quando Satou encontra Kojima no banheiro, levando-os a compartilhar um encontro íntimo que faz sua imaginação correr solta nos dias seguintes. Nande Koko ni Sensei ga? acompanha a vida diária de Satou e seu professor enquanto eles continuam a se encontrar em condições semelhantes, tornando-se cada vez mais próximos a cada encontro.