Shio Ogura é uma estudante japonesa do ensino médio que está visitando Taiwan em uma viagem escolar quando é repentinamente atacada por monstros. Também chegam agentes conhecidos como "E-Gene Holders" da agência governamental DOGOO, que empunham armas infundidas com espíritos de figuras históricas. É revelado que Shio também é um portador do gene E quando a alma de Oda Nobunaga desperta após ela tentar resgatar um amigo.