O ano 1939 foi quando os Neuroi apareceram. No ano de 1939, a humanidade estava à beira da destruição. Equipada com armas de poder devastador, uma misteriosa raça alienígena, conhecida como Neuroi, iniciou uma invasão da Terra, devastando o planeta, destruindo países e derrotando exércitos humanos. Para combater esta força aparentemente imparável, as potências mundiais uniram-se. Foi produzido um novo dispositivo, denominado Striker Unit, capaz de enfrentar a tecnologia Neuroi. As meninas equipadas com a Unidade Striker ficaram conhecidas como Bruxas, formando a última linha de defesa da humanidade. Eles começaram sua luta contra os Neuroi, utilizando suas habilidades mágicas agora aprimoradas, exibindo armas destrutivas que nenhum humano poderia controlar. Avançando para 1944 - Yoshika Miyafuji é uma jovem adolescente que eventualmente decide se juntar à 501ª Joint Fighter Wing, conhecida como "Strike Witches". Sem nenhum treinamento formal, no entanto, Miyafuji pode aprender a cooperar com suas colegas Strike Witches? E se sim, ela poderá salvar a humanidade do ataque dos Neuroi?